农民在选用肥料时会综合养分浓度以及供肥效果等几种进行斟酌，传统的化肥由于养分过于单一目前已经被更替，生物菌肥成为了其接班人。以目前的市场来看各种生物肥和化肥等仍然间接使用和混合使用，那么为什么要将生物菌肥与其它的肥料搭配使用呢？
一、相互促进取长补短
比如有机肥与生物菌肥的共同搭配可以使植物生长的速度更快，通过取长补短和相互促进的方法来提高其整体的繁殖质量，因为生物菌肥与其他肥料搭配后可以促进有机肥的腐殖，而且即便是大面积使用也不会造成影响，让生物菌肥与其他肥料的营养素相互综合。
二、降低整体价格
比如以施用化肥为例，由于它的价格较高对于大型承包户或者种植园以及农场主来说显然会增加投资，化肥又是促进植物生长的重要基础，而如果将化肥与生物菌肥配合使用，既降低了化肥的使用比例又间接的提高了作物的吸收量，质量有保证生物菌肥还能够降低整体的成本价格。
三、提高作物的抗逆能力
将生物菌肥等几种肥料共同使用可以使得有机物的指数明显增加，有机物指数增加是提高植物抗病虫害能力的重要基础，通过提高作物抗逆能力必然会实现高产和稳产，而且往往土壤当中会有一定的无效钾和无效磷等（这也是生物菌肥要求混用的原因），通过生物菌肥也可以使其转变为有效营养提高肥效降低用量。
此外许多农场主之所以要将生物菌肥与其他肥料配合使用来提升效率，由于生物菌肥与其他肥料的不同所以耕深深度、施用频次和比例上均需要根据实际情况斟酌而定，同时各位在施用肥料时也无需追求迅速吸收，以“对土壤破坏小，对植物作用大”为施用前提。