生物菌肥的显著优势就是其含有大量有益菌群可以增加土壤的有益微量元素，降解药残和重金属残留从而调节和改善土壤环境。大受好评的生物菌肥之所以效果好与其正确的施用方法分不开，如果施用方法不正确也会影响到生物菌肥的功效，接下来介绍下生物菌肥的正确施用方法。
一、施用周期
众所周知生物菌肥的菌群生命力非常顽强，所以高质量的生物菌肥的肥效持续时间也较其他肥料要长很多肥效可以长达半年左右，所以如果种植户使用生物菌肥的话一般一季作物施用一次即可，这样的施用周期不仅能够满足作物的生长需求，还可以避免因多次施肥而给农户带来劳动力压力。
二、施用位置
简单的生物菌肥因为不对农作物的根系及种子造成任何伤害，所以在施肥时应该尽量将其施用在靠近作物根系的位置，让其可以与农作物根系很好的接触才能更大化的发挥生物菌肥的作用。很多种植户不了解生物菌肥的施肥特性所以都是将其撒施于地表，这样的施用方法根本无法让生物菌肥发挥作用，正确的施用位置是将其埋于土壤中并且靠近农作物的根系部位。
三、施用配料
生物菌肥的有益微量元素含量非常高，但是其须要施于土壤半个月左右后才能开始发挥其作用，而有益微生物也需要结合空气中的氮元素才能复苏，所以高质量的生物菌肥在施菌肥过程中搭配少量的氮肥更好不过。生物菌肥与有机肥料的搭配使用可以加快改善土壤的速度，也可以提升土壤有机质的含量从而提升土壤中生物菌群的活性。
使用生物菌肥的益处很多，但是因为其在覆土之前很容易因为日照的关系而影响效果，大风天气还容易被吹散，所以建议广受好评的生物菌肥还是要与有机肥料搭配使用较好，而且在注意施用的位置。另外生物菌肥还可以与营养土混合使用，可在蔬菜定植时使用穴施或沟施的方法利于蔬菜育苗的生长。