本世纪是微生物世纪，在环境可控的条件下，功能微生物一般都能很好地发挥作用。生物菌肥就是在此背景下出现的一种新型肥料。利用微生物加速土壤中植物残体的腐解，形成腐殖质，增加土壤中的有机质含量。改善土壤理化性质，通过微生物降低土壤容重，增加土壤孔隙度，增加团粒结构的生成，提高土壤通气透水能力。那么生物菌肥的作用有哪些呢？
1、改善土壤理化性状
生物菌肥能将空气中的游离氮固定下来，将微量元素转化为易被吸收的可溶性养分供植物吸收利用，从而提高土壤肥力。当今世界正面临着食品危机、粮食品质危机、乡村社会危机及自然地理危机，面对这四大危机，惟有有机农业能开启生态文明建设的新时代。此外，有益微生物在根际的大量繁殖，不仅能促进大量微生素、激素类物质的合成，提高土壤有机质含量。高质量的生物菌肥值得信赖。
2、增加蔬菜产量
生物菌肥通过大量有益微生物的生命活动改善了土壤理化性质，控制有害细菌的繁殖和危害，能够促进作物显著增产。生物菌肥在蔬菜上的应用已经普及。有益微生物菌群代谢产生的植物内源酶和植物生长调节剂能促使叶片光合作用；调节营养元素往果实流动。
3、改善蔬菜产品品质
此外，生物菌肥还可使土壤中有益微生物占很大优势，从而分泌出能杀真菌和有害细菌的抗菌素，防止和减轻了农作物的病害，施用生物菌肥一方面可以通过微生物的代谢产生拮抗物质，例如木霉菌、芽孢杆菌等都可控制病原菌的繁殖及对作物根系的伤害。起到了抗病和保护作用，有利于作物生长和品质的提高。
生物菌肥是在化肥大量施用，出现土壤酸化、土壤板结、环境污染等背景下而研发的新一代生物肥料。这与生物菌肥可以保持与提高土壤肥力、促进作物生长、拮抗土传病害有着密切的关系。好评的生物菌肥未来将被越来越广泛使用。