有机肥与农业废弃物有着密切的关系。农业废弃物是指在农业生产中所丢弃的剩余物，数量大，种类多。农业废弃物中含有大量的有机质，尤其是农作物秸秆和畜禽粪便中有机质含量非常高，蛋白质、纤维素等含量丰富。那么有机肥的基本制造工艺有哪些呢？
1、垛式有机肥系统
垛式有机肥系统是目前较为常见的有机肥系统。垛式有机肥系统按通气方式分为条垛式和静态通风垛式，条垛式系统是将秸秆和粪便的混合物堆积成窄长垛形，利用翻抛机械进行定期的翻抛，通风，保持物料堆中时刻都有适当的氧气。静态通风垛式系统是将发酵原料堆积成垛，与条垛式系统相比不同的是，在堆肥发酵期间不用翻堆，通过曝气设备来完成有机肥的生产。专业的有机肥大多采用这种系统。
2、槽式发酵有机肥系统
将农作物秸秆锯末和微生物发酵菌剂混合好，倒入发酵槽中铺放好，储粪槽在两边发酵槽中间，储放着新鲜禽畜粪便。粪污通过喷淋机工作，定期加在发酵槽中，发酵过程产生的生物热提高发酵温度杀灭有害病菌，但不能使温度过高，温度过高影响发酵菌剂活性。槽式发酵有机肥系统目前也较为常见。
3、搅动固定床式有机肥系统
搅动固定床式有机肥系统是将新鲜的畜禽粪便、微生物发酵菌剂及其他发酵辅料混合均匀后输入反应发酵仓内。发酵仓是多层平面结构，物料在发酵仓内通过翻板的翻动从初层逐层下移，根据发酵的程度，各平面间发酵的时间不同，在发酵仓下部，多根支管组成的通气管连接风机进行通风，满足发酵所需氧气量，利用发酵的产热，加快发酵速率，产物经除臭、脱水、干燥等处理制成有机肥。
近几年，国家对绿色农业、生态农业、有机农业、科技农业越发重视，农业废弃物资源化利用也得到广泛的关注。国家也出台了许多相关政策，大力支持农业废弃物发酵有机肥行业的发展；国内许多高校与科研院所，也投入了大量的精力研究农业废弃物发酵有机肥。口碑好的有机肥未来值得信赖。